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科研 | Nat. Commun.: BAD通过4E-BP1控制的小鼠和人类模型的局部翻译来调节乳腺生长形态
编译:微科盟李可爱,编辑:微科盟Tracy、江舜尧。
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研究表明探讨非典型蛋白质功能可以识别新的组织稳态途径。本研究中,我们描述了Bcl-2家族成员BAD在乳腺形态发生中的作用。在BAD3SA敲入小鼠中,BAD不能在3个关键丝氨酸残基上磷酸化,导致青春期腺体发育因导管上皮异常小管的发生而延迟。蛋白质组学和RPPA分析确定BAD可调节局部粘连和mRNA翻译阻遏物4E-BP1。研究结果表明,BAD可调节驱动粘着斑成熟和细胞运动的局部翻译。与此相一致,含BAD3SA器官内的细胞包含不稳定的突起,其间隔的mRNA翻译和粘着斑减少,伴有细胞迁移和肾小管生成减少,表明稳定性可通过4E-BP1衰竭得以挽救。我们的结果证实了BAD在乳腺发育过程中控制局部翻译和细胞迁移的作用。
论文ID
原名:BAD regulates mammary gland morphogenesis by 4E-BP1-mediated control of localized translation in mouse and human models译名:BAD通过4E-BP1介导的对小鼠和人类模型中局部翻译的控制来调节乳腺生长形态
期刊:Nature Communications
IF:12.121发表时间:2021.05通讯作者:Ing Swie Goping
通讯作者单位:加拿大阿尔伯塔大学
实验设计
实验结果
我们用3个基因工程小鼠模型来探讨BAD在出生后乳腺发育中的作用;我们敲除BAD−/−,敲入BADS155A和BAD3SA,3SA表示内源BAD等位基因S112/136/155处的丙氨酸被取代。本研究中,我们首先描述了BAD蛋白野生型动物乳腺发育过程中的磷蛋白水平。等位基因S112、136和155是协调磷酸化的,我们使用经蛋白质印迹或免疫荧光验证的抗PS112或抗PS136抗体来监测磷酸化的BAD (P-BAD)。总BAD蛋白水平在青春期、未育成年期和退化腺体中相似,在怀孕腺体中升高(图1a)。另一方面,相对于未育成年期,青春期、退化期的P-BAD分别显著升高约26倍、约18倍和约11倍。在细胞水平上,总BAD定位于青春期乳腺的成熟导管和末端芽(TEBs)的上皮细胞,并且在周围的间质中很大程度上未被检测到(图1b)。我们还发现β-氨基丁酸局部富集于四溴二苯醚中(图1c),这些结果表明P-BAD可调节青春期特定的过程,可能与青春期化有关。
导管的形态发生是通过上皮细胞和基质细胞之间的复杂信号来协调的。由于小鼠是整体遗传模型,我们将一种基因型的上皮移植到另一种基因型的透明脂肪垫中,以确定缺陷的来源(图2d-f)。BAD+/+上皮移植到BAD+/+或BAD3SA腺中,受体脂肪垫以相同的效率和相似的导管扩张重新填充(图2f-h),表明BAD3SA腺具有生长能力。相比之下,BAD3SA表皮在BAD+/+受体中不能生长(图2f,g),证明缺陷存在于BAD3SA表皮中(图2g;χ2p= 0.0235)。
a,一个典型的胭脂红染色的乳腺整体标本显示BAD突变体的青春期形态发生,图片显示了BAD+/+(n=6)、BAD−/−(n= 6)、BADS155A(n=6)和BAD3SA(n=7)的5wk小鼠乳腺。为了进行比较,在4wk(左侧,n=7)时的BAD+/+腺体对照代表青春期早期发作。上皮支(暗粉色分支结构)嵌入乳腺脂肪垫(围绕浅粉色基质)。b、c,不同发育时期(5wk、8wk、>40wk)BAD+/+、BAD−/−、BADS155A和BAD3SA在上皮支形态特征定量。b)上皮支延伸的定量显示在5wk时BADS155A(灰色)和BAD3SA(蓝色)的延迟;c)上皮支面积的定量显示5wk时BADS155A(灰色)和5wk和8wk时BAD3SA(蓝色)的面积减少。d,显示受体小鼠脂肪垫清除和随后供体组织移植的移植试验示意图。移植手术后6或7周评估供体组织生长。未接受移植的阴性对照“受体”小鼠(每种基因型5只小鼠)的代表性胭脂红染色显示了脂肪垫清除的效率。f实验移植系列的典型胭脂红染色(每种移植条件下n=5只小鼠)。红色代表供体组织基因型,蓝色代表受体基因型。g.成功移植再填充的清除脂肪垫的百分比显示BAD3SA上皮细胞未能再填充脂肪垫。h在BAD+/+或BAD3SA脂肪垫中,对移植BAD+/+上皮细胞所占面积的定量显示了相似的再增殖面积。
我们使用离体3D器官型分支试验直接检测上皮效应,该试验使用从小鼠乳腺分离的原代小鼠器官上皮细胞样物质。这些初级小鼠器官样细胞被包埋在基质凝胶:胶原蛋白-1的细胞外基质模拟物中,在那里它们形成类似于TeB的多细胞包囊,并参与导管形态发生(图3a)。BAD在这些分支器官中表达并磷酸化。显微镜显示BAD3SA主动脉瓣产生相似比例的具有分支的器官样结构,但是分支延伸明显较慢和器官样结构的分支数量较少(图3b–d)。因此,BAD3SA主动脉等表现复制了导管延长延迟并证实了上皮特异性缺陷。为了建立一个遗传易处理的系统并研究人类细胞的保存,我们使用了MCF10A,不具有3D管状基因的特征性模型的转化乳腺细胞系。当在3DMatrigel:Collagen-I 中生长时,MCF10A 形成多细胞囊肿,其中边缘的细胞将突起延伸到细胞外基质中,并开始集结细胞迁移以产生导管,与乳腺导管形态发生同义(图3e)。我们敲除了内源性BAD的表达,并异位表达人野生型BAD或BAD3SA,所有实验都与亲代MCF10A细胞的对照一起进行(图3f)。BAD3SA在小管延伸较慢的管状囊肿的整体形成中显著受损(图3g-I)。总之,BAD3SA抑制小鼠导管延长,在3D人细胞小管发生模型中具有保守效应。
a,3D小鼠器官样分支分析示意图。EGF,表皮生长因子;FGF-2,碱性成纤维细胞生长因子。b,BAD+/+(上)和BAD3SA(下)有机样分支分析的代表性亮场延时图像。BAD+/+中n=150个有机化合物,BAD3SA中n=185个有机化合物。红线突出用于定量测量的单个分支。c、d, 每个器官分支数量的定量。数据表示为BAD+/+(橙色)和BAD3SA(蓝色)有机化合物之间的箱线图,e,显示BAD3SA(蓝色)器官中的分枝长度减少。BAD+/+n=150个有机化合物,BAD3SAn=185个有机化合物。f.3D MCF10A微管生成分析示意图。左:蛋白质印迹显示在正常MCF10A(亲代)和WT细胞中的总BAD3SA、pSBAD112和pSBAD136。从3D小管生成分析制备裂解物。黑色箭头突出显示凝胶移位,表明BAD磷酸化。右图:蛋白质印迹定量。g三个独立实验的3D 导管发生试验的代表性延时图像MCF10A(上)、WT(中)和BAD3SA(下)。有分支的囊肿的百分比。h.图基箱线图显示3SA(蓝色)中分枝孢囊的比例降低。图基箱线图显示小管长度在BAD3SA(蓝色)中减少,收缩表示中间值,凹口表示95%置信区间。 3.BAD3SA腺苷脱氨酶信号与细胞运动有关
为了深入研究BAD3SA腺苷脱氨酶信号与细胞运动的关系,我们进行了质谱蛋白质组筛选,比较了5wk-BAD+/+、5wk-BAD3SA和4wk-BAD+/+乳腺。我们首先验证BAD3SA基因的蛋白质组特征是否反映了青春期的延迟。聚类分析表明,来自5wk-BAD3SA组织的蛋白质谱更接近4wk,而不是管理匹配的5wk-BAD+/+小鼠。此外,蛋白质谱的总体最佳聚类数是5wk-BAD3SA,基于机器学习集成的随机森林分析将5wk-BAD3SA散点图分类为4wk-BAD+/+。最后,基因本体(GO)富集分析在5wk-BAD+/+vs 4wk-BAD+/+和5wkBAD+/+vs 5wk-BAD3SA之间产生惊人相似的分子功能和细胞功能谱。因此,BAD3SA的蛋白质组谱证实了青春期延迟表型(见图2)。为了识别被BAD3SA改变的细胞过程,我们分析了分子功能“肌动蛋白结合”和细胞成分“局灶性粘附”的显著变化,表明BAD3SA破坏细胞迁移过程。新生突起需要肌动蛋白和局部粘连才能转变成稳定的突起,然后连接到细胞外基质并促进细胞生长活动性。为了测试BAD3SA是否破坏了这一过程,我们在3D小管生成的第3天分析了细胞突起动力学。图4显示了多细胞囊肿边缘的细胞如何延伸和收缩突起进入细胞外基质(图4a)。在局部粘附成熟时,这些突起稳定并促进集体细胞迁移以形成小管(图4a)。表达MCF10A WT和BAD3SA的囊肿同样擅长形成新生突起(图4b),然而,BAD3SA突起明显不太稳定和较短,揭示了粘附稳定性的缺陷(图4c)。新生粘连需要肌动蛋白聚合成熟为稳定的局部粘连,为细胞迁移提供牵引力。事实上,BAD3SA细胞突起对于丝状肌动蛋白和粘附衔接蛋白都是缺乏的(图4d,e)。相比之下,WT突起显示出强的肌动蛋白染色和蛋白点状定位,表明标记突起稳定的成熟局灶性粘连(图4d,e)。BAD3SA并不减少多细胞囊肿内体细胞的蛋白和肌动蛋白染色(图4e),这表明3SA特异性减少了局部的蛋白质积累。
a,三个独立实验的早期3D小管形成试验中WT(上)和3SA(下)MCF10囊肿的代表性延时图像。单个亚细胞突起要么随着时间延长(红色箭头),要么不稳定并缩回(绿色箭头)。b,在WT和3SA之间,产生新生突起的细胞囊的百分比没有差异。c,单个突起的长度和寿命显示为散点图。定量显示3SA(蓝色)中突起长度缩短(上)和突起寿命缩短(下)。d,来自WT(上)和3SA(下)早期小管形成试验(第4天)的囊肿代表性免疫荧光图像。DAPI突出了多细胞囊肿中的细胞核,以及突起中细胞核的缺失或存在。插图代表虚线框指示的放大区域。青霉素通道中的洋红色箭头指向病灶粘连斑块。e.图基箱线图,显示了囊肿内细胞(囊肿)或亚细胞突起(突起)中归一化肌动蛋白(左)或桩蛋白(右)荧光强度的定量。下面是带有亚细胞突起的多细胞囊肿的示意图。
4.BAD3SA转染不依赖于细胞凋亡
BAD3SA已被证明可诱导凋亡,因此我们检查了凋亡信号是否介导突起缺陷。正如预期的那样,在青春期乳腺的TeB中我们检测到裂解的半胱天冬酶3,但在BAD3SA中没有显著增加。此外,用半胱天冬酶抑制剂zVAD-fmk阻断半胱天冬酶活性并不能挽救BAD3SA细胞凋亡检测中的突起缺陷。BAD通过结合抗凋亡Bcl-XL43刺激细胞凋亡。虽然BH3在3D培养系统中与BclXL强烈结合,但破坏与拟BH3 ABT-7的相互作用不会改变BH3抑制突起稳定性的能力。因此,BAD3SA抑制导管延长的机制不需要Bcl-XL相互作用或caspase活性,并且独立于凋亡。 5.BAD3SA腺病毒感染不会改变上皮细胞谱系
我们接下来测试BAD3SA是否代表上皮细胞谱系或干细胞样细胞的比例。为了检查上皮细胞谱系,我们对原代小鼠乳腺上皮细胞进行表面标记CD24和CD49f染色。腔上皮或基底上皮亚型的水平或比例没有显著差异。我们接下来用标记物EpCAM和CD49f检测上皮干/祖细胞池,以确定乳腺干细胞。基因型之间的MRU没有差异。因此,BAD3SA腺病毒感染不会改变上皮细胞谱系。 6.BAD3SA BP1过度磷酸化
为了从分子角度了解BAD3SA解除调控的新途径,我们进行了反相蛋白阵列(RPPA)抗体筛选。通过定量癌症和发育途径的关键调节因子的蛋白/磷蛋白水平,我们发现BAD在4wk和5wk BAD+/+腺体中均被磷酸化,但在BAD3SA中未被磷酸化,(图5a,b)。与质谱结果类似,无监督的层次相关聚类分析和随机森林分类显示了5wk-BAD3SA和4wk-BAD+/+腺体之间更紧密的比对,证实BAD3SA赋予发育延迟。方差分析和Tukey-Kramer多重比较分析用于确定所有组之间的显著差异。对显著不同的途径进行分析确定“局灶性粘附-PI3K-Akt-mTOR”为最丰富的表达信号途径,证实BAD3SA破坏局部粘附过程。在年龄匹配的BAD+/+和BAD3SA(p值< 0.01)之间的8种最显著不同的蛋白质/磷蛋白中,前3位mTOR、4E-BP1和eIF4E(图5a,b)都是排名靠前的PI3K-Akt-mTOR途径的标记。由于mTOR、4E-BP1和eIF4E是mRNA翻译的调节剂,这些结果表明BAD在这一途径中起着重要作用。mTORC1激酶复合物可通过磷酸化和抑制翻译阻遏4E-BP1来刺激mRNAs的翻译。在其磷酸化状态下,4E-BP1结合帽结合蛋白eIF4E,阻断eIF4G的后续募集,eIF4g是形成起始复合物eIF4F所必需的。mTORC1在T70和S65依次磷酸化4E-BP1,产生过度磷酸化状态,导致eIF4E的释放,从而允许eIF4F复合物的组装和翻译起始。我们验证了RRPA对独立收集的乳腺组织裂解物和鼠器官样细胞或人MCF10A细胞的3D培养物的过程。研究显示,mTOR差异并不一致(图5b–e),然而,mTORC1下游靶点4E-BP1的失调在所有模型中都得到证实(图5b–e)。与4wk和5wk-BAD3SA相比,4E-BP1在正常5wk青春期腺体中显著过度磷酸化(图5d)。这表明被BAD3SA阻断后,乳腺腺体生长在青春期时期对翻译依赖增强。表达小鼠器官样细胞和MCF10A的原代BAD3SA细胞裂解物小管也具有降低过度磷酸化4EBP1 的作用(图5e)。为了确认 RPPA 的非显着结果,我们发现总的和活跃的 AKT 和 ERK1/2 激酶没有差异,这两者都有助于 mTORC1 激活和乳腺形态发生。总之,表达 BAD3SA 的乳腺上皮细胞具有升高的低磷酸化4E-BP1种类,通过低磷酸化4E-BP1和 eIF4E之间的抑制性复合物形成预测翻译抑制。
a,不同青春期阶段(4wk对5wk)或不同基因型(BAD+/+对BAD3SA)之间乳腺蛋白和磷蛋白差异的火山图。x轴是组间的折叠变化,Y轴是组间Tukey-Kramer预测的Log2调整后的p值。b,根据5wk BAD+/+(橙色)和BAD3SA(蓝色)之间的差异,总/磷酸蛋白点击量按显著性顺序(条形图上从左到右)进行排序。c,蛋白质磷酸化种类的比例。d,顶部:由RPPA鉴定的顶部差异表达的总/磷酸蛋白的乳腺裂解物的蛋白质印迹。验证裂解物由乳腺产生,独立于RPPA样品。黑色箭头突出显示凝胶移位,表明BAD磷酸化。底部:相对蛋白质水平的定量验证了pS112BAD和pS65-4E-BP1在BAD3SA(蓝色)中显著降低。e,顶部:来自小鼠3D分支器官样裂解物的蛋白质印迹,探测在(b)中鉴定的顶部总/磷蛋白。裂解物是从第6天的器官样分析中制备的。底部:相对蛋白质水平的定量显示BAD3SA(蓝色)降低了pS112BAD,降低了pS65-4E-BP1,增加了总4E-BP1的水平。 7.BAD3SA干预4E-BP1相互作用和定位
次磷酸化4E-BP1通过结合eIF4E和阻断eIF4G的募集来抑制翻译,eIF4E的募集通常是随后eIF4F形成和翻译起始所必需的。为了检查3SA是否破坏正常的eIF4E蛋白相互作用,我们使用m7GTP-cap下拉试验来分离与cap结合的eIF4E。与亲代MCF10A和WT相比,在表达3SA的细胞中,与eIF4E相关的4E-BP1增加,与eIF4G相关的减少(图6a)。由于3SA诱导突起特异性缺陷,我们接下来评估4E-BP1或eIF4E是否不同地定位于突起。多细胞包囊和亚细胞突起内的体细胞在WT和3SA中都显示出相似水平的总eIF4E和4E-BP1(图6b);然而,过度磷酸化的4E-BP1 是差异表达的。它在两种基因型之间的体细胞中表达相似,但有趣的是,高磷酸化的4E-BP1在3SA突起中显著减少(减少约2倍)。因此,3SA突起富含与eIF4E结合的次磷酸化4E-BP1,并阻止eIF4G的募集。总之,这些结果表明3SA抑制突起内的局部基因翻译。 8.BAD3SA抑制定位的基因翻译,降低突起稳定性和细胞运动性
细胞迁移需要调节信号分子和细胞骨架/粘附蛋白在细胞突起部位的分区组装。这种空间组织的大部分是由定位的基因翻译驱动的。鉴于我们观察到肌动蛋白和蛋白的前突特异性缺失(图4d,e),我们假设3SA破坏了运动所需的局部翻译。为了测试3SA是否真的减少翻译,我们在小管的3D生长模式分析中评估了蛋白质合成。我们使用翻译的表面传感,将嘌呤霉素掺入生长的多肽链中,产生截短的嘌呤霉素化肽,用抗体显现。BAD+/+3D原代小鼠器官样培养物相对于器官样体内的细胞而言,在分支延伸区域具有显著增加约2倍的纯化肽染色。BAD3SA主动脉样分支中的这种局部蛋白质合成减少。亲本和WT MCF10A细管在细管伸长区域的平移升高,而在3SA突起中显著降低(图6c)。为了支持区域效应,全局翻译不受3SA的影响。此外,双顺反子荧光报告分析显示3SA减少了突起中的依赖和非依赖翻译。因此,在原代小鼠和人细胞系3D器官样分析中,基因翻译在导管/小管延伸的局部区域富集,并且这被BAD3SA抑制。
a,左图:m7GTP下拉试验示意图,用于评估eIF4E与4E-BP1或eIF4G的相互作用。中间:来自亲本、WT、3SA的MCF10A 3D小管裂解物(第7天)的代表性蛋白质印迹显示eIF4E、4E-BP1和eIF4G(输入)的水平。右图:定量显示从m7GTP下拉菜单中恢复的4E-BP1或eIF4g/eIF4e的比率。3SA(蓝色)显示4EBP1增加,eIF4G与eIF4E的相互作用减少。b,上图:WT和3SA囊肿突起的代表性免疫荧光图像,在早期小管形成试验中(第3天),用抗eIF4E(绿色)、抗4E-BP1或抗pS65-4E-BP1(红色)和DAPI(蓝色)染色。放置青色线以勾勒亚细胞突起,随后进行定量分析。底部:图基箱线图,显示了囊肿或亚细胞突起中标准化eIF4E、4E-BP1和pS65-4E-BP1标准化荧光强度的定量。只有pS65-4E-BP1显示染色减少,特别是在3SA的突起中。WT和3SA在囊肿和突起中显示相似的eIF4E和4E-BP1染色。c,顶部:3DMCF10A小管发生试验的代表性免疫荧光图像,在培养物中用嘌呤霉素处理,然后进行免疫荧光处理,并用抗嘌呤霉素(红色)、鬼笔环肽(肌动蛋白,绿色)和DAPI(蓝色)染色。底部:归一化囊肿和突出物嘌呤霉素强度的Tukey箱线图显示BAD3SA(蓝色)中嘌呤霉素染色减少。来自三个独立实验的亲本n=57,WT n=63,3SA n=60。对于图基箱线图,,收缩表示中间值,凹口表示95%置信区间。
9.4E-BP1抑制突起稳定
如果3SA依赖的运动缺陷确实是由于翻译抑制,那么4E-BP1的下调应该挽救该缺陷。为了测试这一点,我们在WT和3SA MCF10A细胞系中进行了稳定的4E-BP1敲除(图7a),并进行3D小管的生长时间评估分析。3SA新生亚细胞突起的寿命比WT细胞短得多,这一点可以通过4E-BP1敲除法完全挽救(图7b,c),证明3SA通过4EBP1破坏突起的稳定性。4E-BP1敲除增加了3SA和WT细胞的突起稳定性,使得几乎所有的囊肿在时间过程结束时都具有稳定的突起(图7f)。这些稳定的突起不能伸长,也不能形成管(图7c–e,g)。这表明4E-BP1不仅在表达3SA的细胞中破坏突起的稳定性,而且在正常对照新生突起中也是如此。因此,4E-BP1阻断了从新生突起到稳定突起的转变。3SA通过促进4E-BP1次磷酸化抑制突起稳定,从而支持4E-BP1阻断翻译和突起延长的能力。
a,顶部:典型的蛋白质印迹评估稳定表达4E-BP1 shRNA的MCF10A WT和3SA细胞系中4E-BP1水平。裂解物是从不表达shRNA(-)、对照非特异性shRNA (+ Ctrl shRNA)或4E-BP1 shRNA (+ 4E-BP1 shRNA)的指示细胞系的3D小管发生分析中产生的,并对印迹进行4E-BP1和eIF4E的探测。底部:定量显示表达4E-BP1 shRNA的裂解物(4E-BP1 shRNA)中4E-BP1蛋白水平降低。b,具有代表性的延时图像,用于WT(上2图)和3SA(下2图)细胞的3D小管发生分析,具有对照敲除(Ctrl shRNA)或4E-BP1敲除(4E-BP1 shRNA)。成像开始于小管形成试验的第3天。插图中的黄色数字表示成像过程中的时间点(小时)。红色箭头表示稳定突起,绿色箭头表示不稳定突起。c,对平均突起寿命的定量分析表明,4E-BP1敲除(蓝色+4E-BP1shRNA)挽救了3SA-不稳定的突起。d,平均突起长度的定量显示4E-BP1敲除降低了WT和3SA(橙色和蓝色+4E-BP1 shRNA)中的突起长度。e,在出生后第7天(上图)或第3SA(下图)进行的3D小管发生分析的代表性亮场图像,形成的微管结构不表达shRNA、Ctrl shRNA或4E-BP1shRNA。随着时间的推移,囊肿分支的百分比为WT(红色)或3SA(蓝色)。f,线图(平均标准差)显示3SA介导的低百分比分支囊肿通过4E-BP1敲除增加(蓝色实线)。4E-BP1敲除法(红色实线)也增加了WT中分枝孢囊的百分比。g,线形图显示4E-BP1敲除减少了WT 3D小管的平均小管长度(红色实线)。
讨论
BAD 通常在青春期乳腺中磷酸化,使4E-BP1过度磷酸化和随后局部翻译上调,以实现有效的细胞迁移和上皮细胞延伸。 防止 BAD 磷酸化 (3SA) 抑制 4E-BP1 的过度磷酸化,从而损害细胞迁移和延伸。
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